В Морском соборе, входящем в состав филиала Центрального военно-морского музея имени императора Петра Великого «Кронштадтская крепость», открыта выставка, посвященная истории и сегодняшнему дню главной святыни Российского флота.
Морской собор во имя святителя Николая Чудотворца возвышается над островом и морем. Его могучий купол, символ Города воинской славы Кронштадта, виден со всех точек Невского фарватера, с Васильевского и Елагина островов в Санкт-Петербурге.
Велико и уникально его предназначение – служить Собором морской славы России, собирать флотские реликвии, хранить память о моряках-героях, отдавших жизни во имя воинского долга, во имя Родины. На памятных мраморных досках, установленных на внутренних стенах Собора, были помещены около тысячи имен флотских офицеров, погибших с 1695 по 1913г., всех без исключения: православных и иноверцев, героев Гангута и Цусимы, моряков всех эскадр и сражений. Тогда были оставлены места и для новых героев – наших с вами современников.
Зачинателем строительства каменного Морского собора стал главный командир Кронштадтского порта вице-адмирал Н.И. Казнаков. В марте 1897 года начался сбор пожертвований. Возвести собор он предложил на Якорной площади. 15 октября 1896 года Н.И. Казнаков представил управляющему Морским министерством план и расценку на сооружение большого каменного собора. 9 декабря 1896 г. это предложение было одобрено императором Николаем II.
Николаевский Морской собор построен в 1903-1913 годах по проекту В. А. Косякова и стал не только украшением, но и высотной доминантой Кронштадта (высота здания — 70 м). Закладка храма происходила в присутствии императорской семьи и была освящена святым праведным Иоанном Кронштадтским. Собор назван в честь Святителя Николая, небесного покровителя мореплавателей, и строился на средства морского ведомства, пожертвования моряков и жителей города как храм-памятник погибшим морякам.
Через год после освещения Морского собора началась Первая мировая война, и храм был готов принять в свои ризницы новые реликвии и пополнить каменный синодик новыми именами для вечного поминовения.
Октябрьская революция прервала естественный ход жизни собора. Как храм он действовал лишь четыре года, в 1918 году здание было передано Кронштадтскому Совету.
В 1975 г. здание Морского собора приняли под охрану государства как памятник архитектуры местного значения, и во второй половине 1970-х гг. на средства Военно-Морского флота были проведены большие ремонтные и реставрационные работы.
В мае 1980 г., накануне 35-й годовщины победы в Великой Отечественной войне, на хорах и галереях собора открылся музей «Кронштадтская крепость» - филиал Центрального Военно-Морского музея. В семи залах общей площадью 900 кв. м. были выставлены военно-морские орудия, картины, скульптуры, фотографии, личные вещи известных российских моряков.
Постановлением Правительства РФ от 10 июля 2001 г. N 527 утвержден перечень объектов исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения, находящихся в Санкт-Петербурге, в который внесен Собор Никольский Морской.
В дальнейшем, по личному гранту Президента России был разработан «Проект воссоздания памятных досок Кронштадтского Морского собора с именами моряков, погибших за Родину» и подготовлена историко-архитектурная документация для полной реставрации храма.
В 2003 г. Николаевский собор передали Санкт-Петербургской епархии, и вскоре начались реставрационные работы. 2 ноября 2005 г., в день рождения св. праведного Иоанна Кронштадтского, в соборе была отслужена первая со времени его закрытия Божественная литургия, которую провел назначенный настоятелем храма протоиерей Святослав Мельник.
1 июня 2009 года, связи с началом реставрационных работ в Кронштадтском Морском соборе, филиал ЦВММ «Кронштадтская крепость» прекратил прием посетителей. В июне 2009 г. была произведена проверка наличия музейных предметов, позальная и попредметная цифровая фотофиксация в залах экспозиции филиала музея.
29 мая 2010 г. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетил Морской собор и принял участие в заседании Общественно-попечительского совета по возрождению храма. 31 июля 2011 г., в День Военно-Морского флота России, на якорной площади состоялось освещение новых колоколов и открытие после реставрации фасада Морского собора во имя святителя Николая Чудотворца.
С 7 июля 2013 года после реконструкции Кронштадтский Морской собор открыт для посещения.
