В специальном фонде музея находятся предметы из драгоценных металлов и драгоценных камней, требующие особых условий хранения. Это награды и памятные знаки Российской империи, СССР и Российской Федерации, а также зарубежные ордена и медали. Отдельного упоминания требует коллекция орденов Ушакова – высшей военно-морской награды. Коллекция Государственных наград и документов к ним насчитывает почти 8000 единиц.
Собрание специального фонда содержит предметы флотского быта и декоративно-прикладного искусства – братины, портсигары, стопки, сувениры, предметы, связанные с историей конкретных кораблей и деятелей флота, а также личные вещи членов императорской семьи. Большую художественную и историческую ценность представляет уникальная коллекция серебряных закладных досок кораблей, среди них есть изготовленные в известнейших ювелирных мастерских – К. Фаберже, П. Овчинникова, В. Морозова.
Есть здесь и свои «документальные» коллекции – грамоты и орденские книжки, рукописные материалы по истории флота, боевые листки времен Великой Отечественной войны.