К началу войны в состав ВМФ входили Северный, Балтийский, Черноморский и Тихоокеанский флоты, Каспийская флотилия, а также ряд речных и озёрных флотилий, которые формировались и расформировывались в зависимости от обстановки.
В день начала В.О.войны 22 июня в бой вступили три флота (Балтийский, Черноморский, Северный) и две флотилии (Дунайская и Пинская) ВМФ СССР . Противник планировал уничтожить наш флот, захватив его базы с суши, поэтому в первые же дни войны основными задачами флота стали эвакуация сухопутных войск, прижатых к морю из Таллина, п.о.Ханко, Одессы, раненых-веонных и гражданского населения, а также борьба на морских коммуникациях и оборона баз.
Северный флот оборонял Мурманск, Балтийский — Таллин и Ленинград, Черноморский — Одессу и Севастополь. Пинская флотилия принимала участие в обороне Киева, Дунайская — Измаила. Вновь созданная Ладожская флотилия обеспечивала снабжение Ленинграда. Северный флот принимал участие в защите конвоев, доставлявших грузы от союзников. Морская пехота вела боевые действия под Москвой. В декабре Черноморский флот провел Керченско-Феодосийскую десантную операцию, которая стала крупнейшей в Великой Отечественной войне.