В Центральном военно-морском музее регулярно проводятся научно-практические конференции, военно-исторические чтения, круглые столы.
В стенах музея прошли: военно-исторические чтения, посвященные 200-летию со дня рождения адмирала П.С.Нахимова, конференция, посвященная 150-летию со дня рождения адмирала И. К. Григоровича, конференция «150 лет Синопскому сражению», международная конференция «100-летие Портсмутского мирного договора», международная конференция «Петровская эпоха в истории российского кораблестроения и традиции морского образования», круглый стол на тему «Морское сражение у мыса Гангут — славная страница истории русского флота», круглый стол «Роль ВМФ СССР в стратегических наступательных операциях 1944 года», Международная научная конференция «Россия на изломе эпох: к 170-летию начала Крымской войны. 1853–1856 гг.» , историко-просветительная конференция «Судьба Русской эскадры: корабли и люди».
Традиционным стало проведение в мае конференций научно-практической программы «Море и флот» (с ежегодно меняющейся тематикой), которые являются единственными в России встречами, объединяющими ведущих специалистов в этой области.
По материалам прошедших конференций программы «Море и флот» изданы сборники их материалов, с которыми можно ознакомится в разделе «Издания»/«Материалы конференций»данного сайта.