Одной из форм работы Ассоциации военно-морских музеев и хранителей морских традиций является Коллегия музеев военно-морской направленности, в организации и проведении которой наряду с ЦВММ и Ассоциацией выступает Департамент культуры Министерства обороны РФ. Цель проведения ежегодной Коллегии военно-морских музеев - это обмен опытом специалистов в области изучения, сохранения и популяризации историко-культурного наследия Военно-Морского Флота, расширение сотрудничества между музеями, представление научных и практических результатов музейной работы, обсуждение актуальных проблем сохранения и популяризации военно-морского историко-культурного наследия, разработка путей их решения.
Первое заседании Коллегии состоялось в 2014 году. По итогам работы I Коллегии в декабре 2014 года для консолидации усилий в работе военно-моских музеев, дальнейшего развития сотрудничества, оказания помощи в повседевной деятельности музейного сообщества было принято решение о создании Ассоциации военно-морских музеев. Инициатором этого начинания выступил Центральный военно-морской музей как методический центр военно-морских музеев страны.
ЦВММ, выступая инициатором проведения коллегий, постоянно стремится разнообразить формат этих мероприятий, программа которых рассчитана на три дня и всегда крайне насыщена. В рамках Коллегии помимо докладов и презентаций на общих пленарных заседаниях проводятся мастер-классы по вопросам хранения музейных предметов и коллекций, создания новых экспозиций, реставрационной работы в музеях и т.п.