В Санкт-Петербурге основан завод М.Е. Карра и М.Л. Макферсона (впоследствии Балтийский).
На волне реорганизации Военно-Морского флота и концепции кораблестроения после поражения России в Крымской войне (1853-1856 гг.) в 1856 году возникло частное предприятие купца 1-й гильдии Матвея Егоровича Карра и инженера-судостроителя Марк Львовича Макферсона.
Завод специализировался на постройке металлических кораблей для военного флота России, а также паровых машин и других судовых механизмов. Броненосная канонерская лодка «Опыт», построенная в 1862 году стала первым отечественным металлическим кораблем.
В 70-е годы ХIX века на предприятии построили броненосный корабль береговой обороны «Адмирал Лазарев», который положил начало броненосному судостроению в России. В начале ХХ века на Балтийском заводе построили линейные корабли «Петропавловск» («Марат») и «Севастополь» («Парижская коммуна») - первые российские дредноуты.
Важным этапом в развитии предприятия в 60-е годы стало строительство серийных танкеров типа «Пекин» и типа «София». С 1974 по 1992 годы на Балтийском заводе была построена серия атомных ледоколов второго поколения. Головной корабль носил имя «Арктика», который в 1974 году в активном арктическом плавании достиг Северного полюса.
В 80-е годы прошлого столетия предприятие освоило строительство тяжелых атомных ракетных крейсеров проекта 1144 («Орлан»): «Адмирал Ушаков», «Адмирал Лазарев», «Адмирал Нахимов». Последний корабль этой серии «Петр Великий», построенный на заводе в 1998 году, по составу оборудования и вооружения до сих пор не имеет аналогов в мировом флоте.
В 2009 году завод приступил к стапельной сборке плавучего энергоблока «Академик Ломоносов» для первой в мире плавучей атомной электростанции.
Всего за 150-летнюю историю предприятия здесь построено около 600 военных кораблей, подводных лодок и гражданских судов.