С 1950-х годов начали создавать сеть филиалов Центрального военно-морского музея. В 1956 году открылся филиал на крейсере «Аврора» — первом в нашей стране корабле-музее.
В 1972 году на берегу Ладожского озера открыли филиал «Дорога жизни» — памятник бессмертному подвигу воинов Ленинградского фронта и Ладожской военной флотилии, обеспечивших в годы блокады работу единственной магистрали, связывавшей Ленинград со страной.
Работа по пропаганде истории флота получила высокую оценку — в 1975 году указом Президиума Верховного Совета СССР Центральный военно-морской музей был награжден орденом Красной Звезды.
В 1977 году в здании бывшей Чесменской церкви открылся филиал «Чесменская победа», посвященный подвигам русских моряков во время Русско-турецкой войны 1768–1774 годов. В 1994 году церковь была передана епархии. До 2000 года совместно с Государственным музеем-заповедником «Царское Село» эта экспозиция была воссоздана в здании павильона «Адмиралтейство» напротив Чесменской колонны, в Екатерининском парке города Пушкина. В настоящее время экспозиции не существует.
В 1980 году в здании Кронштадтского Морского собора заработал филиал Центрального военно-морского музея «Кронштадтская крепость», рассказывающий об истории этой прославленной балтийской военно-морской базы.
В конце 1980-х годов начались работы по созданию филиала на одной из первых подводных лодок советской постройки — Д-2 («Народоволец»). Открытый в 1994 году мемориал является первой в нашей стране полностью музеефицированной подводной лодкой.
Неуклонно развивалась издательская деятельность музея. Если до 1917 года в свет вышли лишь три издания музейного каталога, то с 1960 по 1991 год было опубликовано 8 каталогов музейных коллекций. Многократно издавались и переиздавались путеводители и буклеты музея и его филиалов, публиковались сборники трудов научных сотрудников Центрального военно-морского музея.
