Ассоциация военно-морских музеев была создана в 2014 году. У истоков создания организации были два музея:
Центральный военно-морской музей Министерства обороны РФ
Музей истории подводных сил России имени А.И.Маринеско
Штаб-квартира Ассоциации располагается по адресу: Санкт-Петербург, ул. Большая Морская, д. 69A / пл. Труда, д. 5, Центральный военно-морской музей имени императора Петра Великого