Школьные музеи составляют самую большую по численности секцию Ассоциации
Руководит работой секции с 2016 года Е.С. Корюкаев, заведующий музеем «Юнги Северного флота» ГБОУ лицей № 369 Красносельского района Санкт-Петербурга. Благодаря активности и стараниям Евгения Степановича в Ассоциацию влились многие школьные музеи из разных городов России.
В ноябре 2022 года в состав Ассоциации был принят музей средней школы №9 имени Героя Советского Союза Г.Н.Холостякова из города Барановичи Республики Беларусь. Летом 2023 года – исторический музей 57-й Краснознаменной Смоленской морской ракетоносной авиационной дивизии, созданный в гимназии г.Быхова Могилевской области.
Ассоциация, ЦВММ с филиалами и школьные музеи проводят различные совместные мероприятия - прием в кадеты, встречи с ветеранами ВМФ, тематические экскурсии.
Школьный музей "У ИСТОКА" ГБОУ СОШ № 259 имени М.Т.Лорис-Меликова
Школьный музей "МЫ ПОМНИМ" ГБОУ Лицей №281 Адмиралтейского района Санкт-Петербурга
Музей экипажа гвардейской подводной лодки Л-3 «Фрунзенец» имени Героя Советского Союза В. К. Коновалова [ГБОУ СОШ № 201 Фрунзенского района]
Музейная комната «Памяти АПЛ К-278 “Комсомолец” имени Сергея Маркова» ГБОУ СОШ № 121 (Санкт-Петербург)
Музейная экспозиция, посвященная Краснознаменной Ладожской военной флотилии ГБОУ СОШ № 557 Невского района, Санкт-Петербург
Музейный комплекс «Ветер времен» ГБОУ школы № 407 им. В.П. Бухтеева (Санкт-Петербург, г. Пушкин)
Музей истории школы ГБОУ СОШ № 416 «Школа развития личности имени Веры Васильевны Павловой» (Санкт-Петербург, г. Петродворец)
Музей боевой славы 1-й Гвардейской Краснознаменной истребительной авиационной Выборгской дивизии ВВС ДКБФ ГБОУ СОШ № 529 (Санкт-Петербург, г. Петергоф)
Музей боевой славы подводников Балтики им. Н. П. Египко ГБОУ СОШ № 585 Кировского района
Музей боевой славы подводных лодок типа «Щ» имени Героя Советского Союза Е. Я. Осипова ГБОУ СОШ № 489 Московского района Санкт-Петербурга
Музей ГБОУ СОШ № 512 [Невского района] «История эскадренного миноносца «Стройный»
Музей «Юнги Северного флота» ГБОУ лицей № 369 Красносельского района Санкт-Петербурга
Музей «Балтийская слава» Государственного бюджетного общеобразовательного учреждения средняя общеобразовательная школа № 473 Калининского района Санкт-Петербурга
Музей «Боевой путь эскадренного миноносца «Гордый» ГБОУ СОШ № 436 Петродворцового района Санкт-Петербурга Музей «Боевой путь эсминца «Стойкий» («Вице-адмирал «Дрозд») ГБОУ СОШ № 339 Невского района Санкт-Петербурга
Музей «Из истории подводного флота России» ГБОУ СОШ № 134 имени Сергея Дудко Красносельского района Санкт-Петербурга
Музей «Из истории подводных лодок типа «С» Краснознаменного Балтийского флота» ГБОУ СОШ № 189 «Шанс» имени А. И. Маринеско Центрального района, Санкт-Петербурга
Музей «История морских частей пограничных войск ФСБ России» ГБОУ школа № 253 Приморского района имени Героя Советского Союза капитана 1 ранга П.И. Державина (Санкт-Петербург)
Музей "Живая история" ГБОУ СОШ № 516 Невского района Санкт-Петербурга
ГБОУ СОШ № 176 Калининского района (Санкт-Петербург)
Школьный народный музей Российского флота имени Петра Ляшенко муниципального казенного образовательного учреждения дополнительного образования детей Павловская станция юных техников Павловского муниципального района Воронежской области
Школьный музей Боевой славы 1-го гвардейского минно-торпедного авиационного полка ВВС ДКБФ Колтушской средней общеобразовательной школы имени академика И. П. Павлова
Музей Краснознаменной Ладожской военной флотилии и Северо-Западного речного пароходства МОУ СОШ «Рахьинский центр образования», Ленинградская область, Всеволожский район, г.п. Рахья