1693 г. Размеры полотнища составляют 403 х 460 х 414 х 460 см.
Этот флаг был поднят Петром I на яхте «Святой Петр» в 1693 году и под этим флагом молодой царь вышел из Архангельска в свое первое морское плавание. Триколор с орлом с петровской яхты можно рассматривать и как первый морской флаг, обозначающий Российское государство, и как личный флаг его правителя.
В августе 1693 года флаг был подарен Петром I архиепископу Архангельскому Афанасию. Для того, чтобы отличать военные корабли, имеющие на борту вооружение, от мирных судов 20 января 1705 года Петр I именным указом даровал бело-сине-красное полотнище флага (без орла) коммерческому флоту, совершавшему заграничные плавания. Для военного флота был утвержден «флаг во образе креста Святого Андрея».
В начале XX века, в 1910 году флаг был доставлен из собора Архангельска в музей военно-морского флота капитан-лейтенантом 1-го Балтийского флотского экипажа П.И.Белавенцем. Добившись переноса флага в музей, П.И.Белавенцев тем самым сохранил его для потомков. Тогда же он сделал описание флага: «Флаг сделан из особой флажной материи («флагдуха»), из которой делаются все флаги и сейчас. Полотнище его, представляющее квадрат по 6 аршин в стороне, имеет три горизонтальных полосы: верхняя – белая, средняя – синяя и нижняя – красная. Полосы равной ширины. На флаге вшит из той же материи, захватывая все три полосы, желтый орел. У него на груди масляною краской нарисован красный щит с изображением святого Георгия Победоносца. Святой Георгий белый, на белом коне, колет золотым копьем зеленого змия, поворот фигуры «церковный», т. е. в правую сторону щита».
С середины 90-х годов XX века флаг царя московского в преображенном виде присутствует в штандарте Президента России.
За все время своего существования флаг реставрировался четыре раза: в 1910, 1940–1941, 1956 и 1972 годах.
