В марте 1942 года линия фронта от Баренцева до Черного моря, в основном, стабилизировалась. Обе стороны готовились к новым боям.
Балтийский флот был блокирован в Кронштадте и Ленинграде, но советские подводные лодки прорывались в Балтийское море. В начале июня 1942 подводники Балтики прорвались через минные заграждения Финского залива и 16 июня торпедировали первый немецко-фашистский транспорт. Подводная война на Балтике в этом году принесла нашим подводникам максимальные успехи за все время войны. Ладожская военная флотилия сорвала попытку противника сорвать действие водной коммуникации, по которой шло снабжение Ленинграда и эвакуация его жителей.
Корабли, авиация и подводные лодки Северного флота принимали участие в обороне союзных конвоев от побережья Северной Норвегии до Архангельска. Северный флот продолжал охранение конвоев и борьбу на коммуникациях. Действия советского флота по нарушению морских коммуникаций противника оказали серьезное влияние на ход вооруженной борьбы на приморских направлениях советско-германского фронта.
В мае начался очередной этап борьбы за Крым, который закончился поражением советских войск и оставлением Севастополя. Немецкое наступление на юге привело к началу битвы за Сталинград, в которой активное участие приняла Волжская военная флотилия. В то же время началась оборона Кавказа. Черноморский флот и Азовская военная флотилия в этих боях сыграли исключительно важную роль.