Медаль «За отличие в мореходстве» учреждена 12 февраля 1830 года указом императора Николая I. Этой медалью награждали вплоть до царствования Николая II включительно.
Медалями награждались шкиперы и штурманы (то есть капитаны кораблей и их заместители), отслужившие не менее 12 лет. Также было необходимо побывать не менее чем в шести плаваниях в далёкие иностранные порты.
Медали чеканились на Санкт-Петербургском Монетном дворе.
Носили медаль «За отличие в мореходстве» на шейной ленте ордена Св. Анны.