Основано Специальное конструкторское бюро Наркомата судостроительной промышленности (ныне — ГУП НПО «Агат»).
С целью создания новых видов систем управления вооружением кораблей ВМФ постановлением Комитета обороны СССР 2 апреля 1942 года было основано Специальное конструкторское бюро Наркомата судостроительной промышленности (СКБ НКСП).
Основу его коллектива составили эвакуированные из Ленинграда сотрудники НИИ морского приборостроения. В годы войны в СКБ были разработаны системы управления стрельбой артиллерией главного калибра и зенитным огнем крейсеров и эсминцев.
В 1946 году СКБ было преобразовано в Морской научно-исследовательский институт № 1 (МНИИ-1). С началом оснащения кораблей ракетным оружием перед институтом встала задача по созданию комплексов, основанных на применении электрических и электромеханических вычислительных устройств. В этот период в МНИИ-1 была создана система управления стрельбой ракетой П-15, а также первый в стране навигационный комплекс подводной лодки «Плутон».
В 1961 году МНИИ-1 был переименован в Центральный морской научно-исследовательский институт (ЦМНИИ). С 1974 по 1983 год в институте, ставшем с 1977 года Научно-производственным объединением (НПО) «Агат», организуется серийное производство уникального ряда корабельных систем управления боевой деятельностью и стрельбой для кораблей 3-го поколения. 23 января 1978 года предприятие было награждено орденом Ленина.
В настоящее время Государственное унитарное предприятие «НПО «Агат» проектирует системы управления для кораблей ВМФ 4-го поколения.
