Постановлением Совета Министров СССР в г. Калининграде образовано 2-е Балтийское высшее военно-морское училище (ныне Балтийский военно-морской институт им. Ф.Ф. Ушакова)
4 августа 1948 года на базе Калининградского военно-морского подготовительного училища сформировано 2-е Балтийское высшее военно-морское училище и уже 1 октября 1948 года начался первый учебный год на 1-м курсе по программам подготовки вахтенных офицеров надводных кораблей.
В период с 3 мая 1954 года по 7 апреля 1969 состоялся ряд реорганизаций и переименований училища (в Балтийское высшее военно-морское училище, в Балтийское высшее военно-морское училище подводного плавания, в 58-е флотские офицерские курсы по программам подготовки командиров БЧ-1 и начальников РТС ракетных катеров и малых ракетных кораблей (1965), На базе расформированного училища были созданы Курсы офицерского состава запаса ВМФ (1960).
7 апреля 1969 года было образовано Калининградское высшее военно-морское училище в составе штурманского и артиллерийского факультетов, позже созданы факультеты радиосвязи, ракетного вооружения.
6 ноября 1997 года началось преобразование Калининградского высшего военно-морского училища в Балтийский военно-морской институт, а 20 июня 1998 года приказом ГК ВМФ № 224 установлена дата годового праздника Калининградского ВВМУ — 1 сентября.
31 октября 1998 года в соответствии с постановлением Правительства РФ № 1009 от 29 августа 1998 года проведен торжественный ритуал преобразования Калининградского ВВМУ в Балтийский военно-морской институт.