Щит корабельной формы в золотом обрамлении с волнообразной серебряной вершиной. В сиреневом поле щита, имеющем в верхней части тройную серебряную волнообразную внутреннюю кайму, находится золотое пламя, переходящее в золотую лавровую ветвь. Герб увенчан прямым черным крестом в золотом обрамлении с лавровым венком в центре, внутри которого в красном поле золотые цифры №349№, и пятью историческими знаменами. Снизу герб украшен зелеными пальмовыми ветвями, перевитыми красной лентой с надписью «Музей ЧФ».
Символика
Вечный огонь и лавровая ветвь символизируют память о славных делах моряков-черноморцев.
Серебряные волны отражают течение времени. Севастопольский крес с фасада Музея Черноморского флота и пальмовая ветвь напоминают о 349 днях первой обороны Севастополя, в память о которой был создан первый в Севастополе музей. Парад флагов отражает славную историю Черноморского флота России с момента его основания и до наших дней, собранную в фондах музея.
Герб утвержден командующим Черноморским флотом 30 июля 1997 года и зарегистрирован в Геральдической коллегии ЧФ под № 53.
Автор герба музея – герольдмейстер Черноморского флота капитан 2 ранга В.Н.Дорошко.