В экспозиции зала № 1 посетители могут ознакомиться с организацией строительства первых советских подводных лодок в конце 20-х — начале 30-х годов ХХ столетия. В зале экспонируется стрелковое оружие, которое осваивал личный состав Д-2 при подготовке к обороне Ленинграда, а также трофейное немецкое стрелковое оружие. Заканчивается экспозиция моделью подводной лодки Д-2, которая представлена в продольном разрезе, что позволяет посетителям наглядно увидеть основное оборудование лодки, размещенное в каждом отсеке.
В зале № 2 выставлены модели отечественных подводных лодок, построенных в ХХ веке. Посетители знакомятся со всеми типами дизель-электрических, атомных подводных лодок с баллистическими и крылатыми ракетами. Всего в этом зале представлены модели более двадцати различных подводных лодок, спроектированных и построенных в Российской империи, СССР и Российской Федерации. Интерес вызывают материалы, рассказывающие о кругосветном плавании группы лодок Северного флота в 1966 году.
В зале № 3 представлены экспонаты, отображающие боевые действия подводной лодки Л-3, которой командовали в различное время П.Д. Грищенко и Герой Советского Союза В.К. Коновалов, а также подводной лодки Щ-303 под командованием Героя Советского Союза И.В. Травкина. В зале также находится картина, на которой изображена атака подводной лодки С-13 под командованием А.И. Маринеско и потопление германского лайнера «Вильгельм Густлов».