Экспозиция Зала №5 - это монументально-художественная композиция о боевой дяетльности Черноморского флота в первый период войны: настенная карта-схема Черноморского побережзья от реки Дунай до Кавказа, галерея портретов Героев Советского Союща, удостоенных этого звания за героизм, проявленный при выполнении боевых заданий командования в период второй героической обороны Севастополя.
Первый раздел экспозиции зала посвящен началу Великой Отечественной войны. Севастополь первым встретил удар – 22 июня 1941 г. в 3 ч 13 мин в ночном небе Севастополя фашистские самолеты сбросили на фарватер и бухту магнитно-акустические морские мины, стремясь заблокировать корабли в бухте, чтобы затем их уничтожить. Одна из сброшенных на парашюте мин попала в жилой дом на улице Подгорная (ныне улица Нефедова) – появились первые жертвы войны.
В экспозиции представлены: осколок первой вражеской мины, сброшенной фашистами на Севастополь 22 июня 1941 г., инструменты, которыми пользовались минеры флота при разоружении вражеских мин и часовой механизм фашистской магнитно-акустической мины.
Среди предметов с кораблей – пепельница из кают-компании линкора «Севастополь» – флагмана Черноморского флота в годы войны. Корабль совершил 15 боевых походов, отразил 20 воздушных атак противника. 8 июля 1945 г. награжден орденом Красного Знамени.
В числе экспонатов – эмблема «Герб СССР» с эсминца «Сообразительный». В годы Великой Отечественной войны корабль участвовал в обороне Одессы, Севастополя, Кавказа, в четырех десантных операциях, совершил 218 боевых походов, пройдя 63750 миль, провел без потерь 33 конвоя, 59 раз обстреливал позиции противника, сбил 7 самолетов. 1 марта 1943 г. эсминцу присвоено звание «Гвардейский».
В зале экспонируются два 45-мм орудия с подводных лодок «М-35» и «Щ-211».
Подводная лодка «М-35» 22 июня 1941 г. встретила в составе 8-го дивизиона 2-й бригады подводных лодок в Севастополе под командованием старшего лейтенанта М. В. Грешилова, впоследствии капитана 1 ранга и Героя Советского Союза. В годы Великой Отечественной войны лодка совершила 32 боевых похода, 16 торпедных атак. 31 мая 1943 г. ей присвоено звание «Гвардейская».
Подводная лодка «Щ-211», командир капитан-лейтенант А.Д. Девятко, совершила 4 боевых похода. 11 августа 1941 г. в районе Варны высадила группу болгарских революционеров-интернационалистов во главе с Н.Р. Цвятко. 15 августа 1941 г. открыла боевой счет черноморских подводников, потопив в районе мыса Эмине транспорт «Пелес» (5708 брт). 16 ноября вышла в очередной боевой поход, в назначенный срок в базу не вернулась.
В 2003 году место гибели лодки было установлено, стало известно, что лодка погибла 22 ноября в 6–7 милях восточнее мыса Ак-Бурун от сильного взрыва, предположительно в результате атаки румынских кораблей.
Экипажем спасательного судна «ЭПРОН» были подняты предметы, винт и орудие, которые впоследствии переданы в музей и представлены в экспозиции.
