Музей Балтийского флота является филиалом Центрального военно-морского музея с 2012 года.
В 1957 году вышла в свет Директива Главного штаба Военно-Морского Флота СССР, предписывающая создать музей флота с дислокацией в городе Балтийск.
Для создания нового музея из Центрального военно-морского музея в Ленинграде (сегодня Санкт-Петербург) были переданы модели кораблей, абордажное оружие XVIII века, старинные книги, картины маринистов XX века. Активно помогали в поиске исторических реликвий ветераны Великой Отечественной войны, военные моряки, флотские умельцы и местные жители.
23 февраля 1959 года залы музея открылись для посетителей.
Три года спустя музей был переведен в Таллинн – главную базу Краснознаменного Балтийского флота, где на протяжении последующих тридцати с лишним лет происходило его дальнейшее развитие. В 1992 году при выводе сил флота из стран Балтии командование Балтийского флота приняло решение о передислокации музея, вернув его в г. Балтийск. И снова экспозиция музея разместилась в том же здании, в котором начиналось ее создание – архитектурном памятнике начала ХХ века, построенном в псевдоготическом стиле.
Сегодня фонды музея насчитывают более двадцати тысяч предметов (https://navalmuseum.ru/about/goskatalog): вещи, принадлежавшие офицерам и адмиралам Балтийского флота, оставившим свой след в военно-морской истории. Имеются уникальные образцы холодного и огнестрельного оружия ХVIII–XX веков, среди них – абордажное оружие времен Петра Великого.
В коллекции музея находятся предметы, принадлежавшие прославленным адмиралам: М.П. Лазареву, И.Ф. Крузенштерну, вице-адмиралу С.О. Макарову. Историческая ценность музея – это штурвал с императорской яхты «Полярная звезда», которая обслуживала семью последнего русского императора Николая II. Особое место среди корабельных моделей занимает модель 44-пушечного фрегата «Паллада». Большую ценность представляют закладные доски кораблей Балтийского флота ХIХ–ХХ вв.
В экспозиции можно ознакомиться с историей Балтийского флота, начиная с правления Петра I и до наших дней, с выставками «Разведка Балтийского флота», «Морская авиация Балтийского флота», «Надводный и подводный флот Балтики», «Балтийский флот в годы Великой Отечественной войны», «История Пиллау».
Отдельно можно посетить «Балтийскую крепость». Цитадель, заложенная в XVII веке с ее бастионами и сохранившаяся до наших дней – главная историческая достопримечательность города Балтийска.
