В июле 1941 года в состав Ладожской военной флотилии вошли два дивизиона канонерских лодок, дивизион тральщиков, два дивизиона катерных тральщиков, отряд транспортов, группа кораблей специального назначения, зенитные батареи, служба связи и другие подразделения управления и обеспечения. В дальнейшем состав флотилии был усилен сторожевыми кораблями и катерами типа МО, бронекатерами, транспортами, а также береговыми формированиями.
Летом 1941 года финская армия, развернув наступление на восточном и западном берегах Ладожского озера, быстро продвигалась к югу. Три стрелковые дивизии 7-й армии сдерживали натиск превосходящих сил врага, но были вынуждены отступить. Для создания угрозы флангам и тылу противника и оказания поддержки отступающим войскам 7-й армии Ладожской военной флотилии было приказано осуществить ряд боевых операций по высадке морских десантов на острова восточного побережья. Также корабли флотилии обеспечивали регулярную доставку войскам боеприпасов, продовольствия, несли дозорную службу с целью не дать противнику перебросить свои войска на прибрежные острова.
К середине августа для войск, оборонявших Ленинград, наступил чрезвычайно критический момент. Требовалось вывести из окружения и перебросить на решающие направления битвы за Ленинград советские войска, которые были прижаты к Ладожскому озеру. Эта задача была поставлена перед Ладожской военной флотилией. Моряки успешно справились с возложенной на них миссией, с помощью моряков-ладожцев 168-я дивизия вышла из окружения. Было эвакуировано около 23 тысяч человек, 140 орудий и много техники. В этой операции особо отличились сторожевой корабль «Пурга», спасательный корабль «Сталинец», канонерские лодки «Селемджа» и «Бира», катера типа МО и др. На сторожевом корабле «Пурга» держал свой флаг командующий Ладожской военной флотилией, капитан 1 ранга Б.В. Хорошхин. Много раз «Пурга» эвакуировала с берега пехотинцев. Модель этого боевого корабля находится в экспозиции музея.
Бок о бок с военными моряками сражались водники Северо-Западного речного пароходства. Большая часть перевозки личного состава и материальной части 168-й дивизии осуществлялась на баржах пароходства, переоборудованных специально для этого, и на транспортах. Дивизии, переброшенные с берегов Ладоги под Ленинград, внесли достойный вклад в оборону города.
Кольцо блокады замкнулось, и остался единственный путь доставки в Ленинград всего необходимого для жизни и борьбы — по Ладожскому озеру. После захвата Шлиссельбурга принимать грузы можно было только на западном побережье озера. Здесь, в районе железнодорожной станции Ладожское озеро, началось спешное создание пристаней в гаванях Осиновец и Гольсмана, велись работы по углублению дна, строительству узкоколейных подъездных путей, складов, землянок. 12 сентября 1941 года на западный берег, к Осиновецкому маяку были доставлены первые продовольственные грузы — 626 т зерна и 116 т муки. За 79 дней первой навигации кроме оперативных перевозок (на восточный берег были переброшены 191-я и 44-я стрелковые дивизии и бригада морской пехоты) по Ладоге было эвакуировано около 33,5 тысячи ленинградцев и более 3 тысяч раненых.
Благодаря экспонатам музея мы узнаем о многочисленных подвигах моряков-ладожцев, которые подвергались постоянным атакам немецких «юнкерсов» и «хейнкелей». В музее представлены также экспонаты, повествующие о славных боевых делах экипажа сторожевого корабля «Конструктор». 4 ноября 1941 года «Конструктор», перевозивший 250 эвакуируемых ленинградцев, был атакован самолетами противника. В результате попадания двух бомб «Конструктор» получил тяжелейшие повреждения и стал быстро заполняться водой. Положение корабля было критическим. Экипаж героически боролся за его живучесть и спасение людей. Подошедшая на помощь канонерская лодка «Бурея» сняла уцелевших пассажиров, а команда «Конструктора» продолжила сражаться за спасение корабля. Благодаря высокому профессионализму и смелости экипажа «Конструктор» был спасен и после ремонта продолжил свою боевую службу.
Мужество и героизм проявили моряки Ладоги при прокладывании телефонного кабеля по дну Ладожского озера. С началом блокады прекратилась телефонно-телеграфная проводная связь Ленинграда со страной. Радиосвязь была ненадежной. В исключительно сложных условиях, в штормовую погоду, при систематических налетах авиации противника связистам Ленинградского фронта и морякам Ладожской военной флотилии удалось проложить по дну Ладожского озера несколько телефонно-телеграфных кабелей. Прокладке кабеля предшествовала разведка трассы гидрографами Ладожской флотилии, гидрографическое обеспечение прокладки осуществляло судно «Сатурн». Водолазные работы выполнялись отрядом аварийно-спасательной службы Балтфлота и Ладожской флотилии.
