В первые дни войны были приняты указы Президиума Верховного Совета СССР о мобилизации военнообязанных и введении военного положения в европейской части страны. Для объединения усилий фронта и тыла 30 июня был создан Государственный Комитет Обороны (ГКО). Приказом наркома Военно-Морского Флота Н.Г.Кузнецова от 25 июня 1941 года была воссоздана Ладожская военная флотилия как боевое подразделение Балтийского флота.
В планах немецко-фашистского командования захвату Ленинграда, города — колыбели революции, отводилось особое место. По плану «Барбаросса» ленинградское направление наряду с московским и киевским было одним из трех главных направлений удара германских войск. Ленинград планировалось захватить первым, а после овладения городом противник рассчитывал ликвидировать основные базы Балтийского флота, вывести из строя промышленный потенциал города.
В экспозиции представлены плакаты первых месяцев войны. На фотографиях запечатлена мобилизация всех сил и средств для отпора врага и организация обороны города. В короткий срок были сформированы и вооружены десять дивизий народного ополчения Ленинграда. На строительство оборонительных сооружений ежедневно выходили тысячи ленинградцев — ими было вырыто почти 700 километров противотанковых рвов, сооружено 5 тысяч дотов и дзотов.
Несмотря на массовый героизм и мужество Красная Армия под давлением превосходящих сил противника вынуждена была отступать. Над Ленинградом нависла непосредственная опасность. Для обороны города использовали тяжелую морскую и береговую артиллерию Краснознаменного Балтийского флота. В экспозиции представлены образцы вооружения, использовавшиеся в боях за Ленинград, в том числе артиллерийские снаряды крупного калибра. Только в первые месяцы войны артиллерия Балтийского флота выпустила по врагу 70 тысяч снарядов.
Утром 29 августа 1941 года по Октябрьской железной дороге прошли последние поезда с эвакуируемыми ленинградцами. 30 августа гитлеровские войска вышли к Неве, 8 сентября они захватили Шлиссельбург, началась ни с чем несравнимая борьба в условиях блокады.